Le Vice-Royaume du Pérou est un district administratif de la Couronne d’Espagne. La Vice-Royauté du Pérou est créé le 20 novembre 1542 grâce à la signature de la Cédule Royale à Barcelone. Elle administre donc l’ensemble de l’Amérique Latine. Le Pérou est en guerre civile. Les deux principaux conquistadores Francisco Pizarro et Diego de Almagro s’affrontent dans un conflit fratricide pour la domination du Pérou.
Le roi envoie le premier vice-roi, Blasco Núñez Vela, en 1543. Les dissensions de la guerre l’empêche de gouverner. Assassiné en 1546 par le frère de Pizarro, Gonzalo Pizarro, son successeur est Pedro de la Gasca. Il est nommé Président de la Real Audiencia de Lima. Il instaure l’autorité et met fin à la rébellion de Pizarro. Le Vice-Royaume du Pérou s’installe à Lima. 38 vice-rois se succèdent entre 1544 et 1824. Francisco de Toledo organise l’état colonial et fonde les “réductions” ou villages d’indiens. Au 18ème siècle, le territoire du Vice-Royaume du Pérou est vaste, des réformes sont nécessaires. On crée donc les Vices-royautés de Nouvelle Grenade au nord et la Vice-royauté du Rio de la Plata au sud. Au 19ème siècle, c’est une période de décadence qui s’annonce et le Vice-Royaume prend fin avec la chute du vice-roi José de la Serna e Hinojosa devant les troupes de Simón Bolivar.
Le Vice-Royaume dépasse les limites de l’Empire Inca. Seuls le Brésil, gouverné le Portugal et le Venezuela dépendant de la Vice-Royauté de La Nouvelle Espagne sont exclus. La Vice-Royauté est divisée en 9 divisions administratives ou audiencias. L’audiencia du Chili appartient à la Vice-Royauté jusqu’en 1818 mais les ambitions indépendantistes se font sentir. Pendant la Guerre d’Arauco contre les mapuches, le Chili reçoit des financements considérables de Lima.