La construction de la Station Mapocho débute en 1903 et se termine en 1913 à l’occasion du premier centenaire de l’Indépendance du Chili. La Station Mapocho est censée être une alternative à la Station Centrale à laquelle elle est reliée par le Tunnel Matucana.
Au début du XXème siècle, l’augmentation du réseau ferroviaire chilien fait en sorte qu’il est nécessaire de penser à un nouveau point de départ. Un concours publique est organisé. C’est l’architecte chilien Émilio Jecquier, de descendance française qui le remporte. Jecquier a étudié en France et est un disciple de Gustave Eiffel. La structure métallique de la Station Mapocho est fabriquée en Belgique par la compagnie Haine Saint-Pierre. La Station Mapocho est de style néoclassique français. Elle reliait le nord du pays, Valparaiso et Mendoza. La Station Mapocho arrête de fonctionner en 1987. Dans les années 90, elle est déclarée Monument National et devient un centre culturel.