Le peuplement du Chili a commencé environ 12.000 ans avant notre ère. Le site archéologique Monte Verde, près de Valdivia, est le premier témoignage de cette époque. Il fut découvert en 1978 et il s’agit du site historique le plus ancien du pays. D’autres sites archéologiques célèbres existent au Chili : dans le nord, le visiteur pourra découvrir les trésors culturels de San Pedro de Atacama, vieux de 10.000 ans avant notre ère et dans le centre, le site de Tagua-Tagua, qui remonte à 9.000 ans avant notre ère. Avant l’arrivée des Espagnols, environ un million d’indigènes vivaient dans les limites du territoire chilien actuel. Comme énoncé précédemment, la population indigène était composée de plusieurs ethnies qui n’eurent pas la possibilité d’atteindre un développement social important. Les ethnies du nord, du centre et du sud, qualifiées de tribus par les anthropologues, vivaient en groupes de quelques centaines d’individus et pratiquaient l’agriculture et le travail de la céramique. Toutefois, ces tribus ne possédaient pas d’organisation politique unifiée et ne connaissaient ni la vie urbaine ni l’écriture. Les tribus de l’extrême-sud du Chili se trouvaient à un stade encore moins évolué et vivaient en groupes plus restreints de 20 à 30 personnes. Elles pratiquaient la chasse qui leur permettait de s’alimenter ainsi que la pêche et la collecte et menaient une vie nomade.
Dans la région du nord désertique chilien, les premiers peuplements d’indigènes vivaient grâce aux ressources de l’océan Pacifique mais également en s’aventurant dans la Cordillère des Andes pour chasser les lamas. Le nom de la plupart des premières ethnies du Chili est inconnu. Toutefois, on a découvert des restes archéologiques d’une ancienne ethnie dans le secteur de Chinchorro, près de l’emplacement actuel la ville d’Arica. Plusieurs momies ont ainsi été mises à jour. Il s’agit des plus anciennes momies au monde. En effet, leur confection remonte bien avant celle des momies égyptiennes, aux alentours de 5.000 ans avant notre ère.
Vers 500 avant J-C apparaissent au Chili les premières tribus menant une vie sédentaire. Celles-ci élaboraient des constructions architectoniques, nommées pucaras, véritables fortifications pour se protéger des attaques externes. Ces tribus pratiquaient le travail de la céramique, cultivaient les haricots, la pomme de terre et le maïs. Certains de ces groupements d’indigènes furent fortement influencés par la culture bolivienne de Tiahuanaco. Par ailleurs, avant l’arrivée des conquistadores, ces populations furent dominées par l’empire inca du Pérou. Par la suite, les Espagnols les nommèrent indiens Atacamas mais les scientifiques ignorent leur nom d’origine. Dans le nord semi-désertique, plusieurs sociétés sédentaires sont apparues au début de notre ère, au sein des vallées transversales. L’ethnie principale qui habitait cette zone au moment de la conquête européenne est l’ethnie diaguita qui était établie également sur le territoire argentin actuel. Les indiens diaguitas travaillaient le cuivre et le bronze. L’organisation de leurs sépultures illustre un début de stratification sociale. Les Diaguitas étaient également en contact avec les Incas. Dans la région centrale du Chili, entre les emplacements actuels des villes de Santiago et de Concepción, des tribus s’installèrent aux alentours de 1100 après J-C. 
Dans toute cette zone vécurent différentes communautés apparentées culturellement et parlant des variantes linguistiques similaires. Dans l’aire de Santiago se trouvaient les Picunches, les Mapuches s’étaient établis dans la région de Bíobío, les Huilliches en peu plus au sud, là où se trouve actuellement Valdivia. Toutes ces communautés d’indiens exploitaient les terres et cultivaient les haricots, le maïs, les pommes de terre, le piment et le quinoa. Elles récoltaient également les fruits et chassaient les guanacos dans les Andes. Les Picunches construisaient des canaux d’irrigation et vivaient dans des hameaux de 300 personnes. Ils cultivaient en outre la terre en commun. Les Mapuches sont l’ethnie la plus connue du Chili. Les Espagnols ont laissé d’innombrables descriptions de leur rencontre avec les indiens mapuches qu’ils nommèrent les « Araucans ». Les Mapuches vivaient dans une région du Chili caractérisée par l’abondance d’eau et par les forêts. Ces indiens guerriers n’ont jamais été dominés par les Incas. Ils vivaient également de l’agriculture, de la collecte de fruits et de légumes et de la chasse. Leur nombre atteignait 300.000 individus qui étaient répartis en petites communautés de 100 à 200 personnes dans des maisons appelées « rucas » qui abritaient plusieurs familles. Le Lonko était le chef du regroupement familiale. Il possédait un certain prestige mais il n’était pas supérieur socialement car il n’y avait pas chez les Mapuches de système de propriété privée. Le Lonko était chargé d’organiser les tâches collectives et de gérer les conflits. Un peu plus au sud de la région mapuche, la zone de l’extrême-sud chilien était peuplée par les indiens pehuenches, puelches et tehuelches. Ces derniers habitaient la précordillère des Andes et la cordillère des Andes, ils vivaient en groupes et pratiquaient la chasse au guanaco et la collecte de fruits et légumes. Ils n’ont jamais connu l’art de la céramique ni l’agriculture et ce, même s’ils étaient proches de la zone où vivaient les Mapuches. Enfin, dans l’extrême-sud chilien, vivaient les indiens kaweskars et yagans. Ces indigènes nomades se déplaçaient entre les nombreuses îles d’Aysen et du détroit de Magellan. Ils pratiquaient la pêche et la chasse d’animaux marins. Enfin, en Terre de Feu, vivaient les indiens onas et selknam, également chasseurs.
Sous le gouvernement conservateur, la politique extérieure du Chili a été marquée par une série de conflits antérieurs non-résolus avec les pays voisins, en premier lieu avec le Pérou et la Bolivie en 1839 lors de la bataille de Yungay et ensuite, avec l’Argentine, en 1843. Ce conflit dura jusqu’en 1881, date à laquelle un traité fut signé et concéda une moitié de la Terre de Feu au Chili. Par la suite, le pays va exploiter les riches gisements de nitrates du désert d’Atacama. Le Chili fit face à cette époque aux prétentions de la Bolivie sur ce territoire et entra en guerre avec cette dernière en février 1879 et envahit la ville portuaire bolivienne de Antofagasta. Deux mois plus tard, ce fut au tour du Pérou de déclarer la guerre au Chili, ce qui conduisit à la Guerre du Pacifique. Le Chili gagna ce conflit et agrandit considérablement son territoire grâce à une annexion de la province bolivienne d’Antofagasta et de la province péruvienne de Tarapaca. Le Pérou céda également la ville de Tacna et Arica à condition d’organiser un référendum dix ans plus tard. Les deux pays signèrent ainsi un traité avec les clauses suivantes qui organisaient la division du territoire : Tacna restait en possession du Pérou et Arica revenait au Chili.
En 1891, une alliance entre les forces politiques du pays et le clergé catholique se rebella contre le gouvernement du président José Manuel Balmaceda, chef du Parti Libéral. Le pays entra dans une période guerre civile qui dura un an. Sous le commandement du capitaine Jorge Montt, officiel de la marine, les rebelles s’emparèrent de la flotte chilienne et des riches provinces du nord. En août, ils renversèrent l’armée gouvernementale dans la région de Valparaiso. La ville tomba aux mains des rebelles, tout comme Santiago. Cette capitulation marquera la fin d’une guerre civile qui fit plus de 10.000 victimes et généra des dépenses considérables. En septembre 1891, Balmaceda se suicida. Une des conséquences de ce conflit est l’évolution du régime politique chilien vers un système parlementaire avec davantage de pouvoirs accordés aux Congrès. Peu après, Montt candidat présidentiel pour une convention libéral-radical qui n’appartenait à aucun parti politique accéda au pouvoir et le Chili entra dans un long processus de paix et de reconstruction. Soutenu par les conservateurs, Jorge Montt fut président de 1891 à 1896.
En août de l’année 1906, un énorme tremblement de terre détruisit presque complètement Valparaiso et plusieurs quartiers de la capitale. Le nombre de victimes s’éleva à plus de 3.000 personnes et plus de 100.000 logements furent détruits. Les libéraux s’imposèrent aux élections de 1920 et revinrent au pouvoir. Arturo Alessandri Palma du Parti Liberal, fut élu à plusieurs reprises président du Chili pendant une période de près de 20 ans. Avec des discours en faveur de la classe ouvrière, Alessandri effraya les secteurs les plus conservateurs de la société chilienne qui voyait, avec lui, ses intérêts menacés. Arturo Alessandri Palma est considéré comme l’un des hommes politiques les plus influents du Chili, notamment grâce à une série de réformes et à la Constitution de 1925 qui marquèrent la fin du régime parlementaire au Chili et instaurèrent un régime présidentiel. En 1924, des chefs militaires renversèrent Alessandri et rétablirent la dictature. Toutefois, ce nouveau pouvoir fut à nouveau vaincu au début de 1915. Alessandri revint à la présidence du pays mais son mandat dura moins d’un an. Après plusieurs coups d’Etat et changements de gouvernements, il fut réélu en 1932 grâce à l’appui des partis centristes et des partis de droite. Il conserva la présidence jusqu’en 1938. Auparavant, en 1936, un nouveau parti politique s’était créé au Chili : le Front Populaire constitué de composantes radicales, socialistes et communistes. Le Front Populaire s’impose aux élections de 1938 avec le candidat radical Pedro Aguirre Cerda. Son programme, inspiré par le New Deal nord-américain, qui mettait l’accent sur l’éducation et l’industrialisation du pays, fut interrompu par un tremblement de terre dévastateur à Chillan qui fit plus de 30.000 victimes. L’importance de cet évènement l’obligea à incorporer dans sa politique la reconstruction du pays et l’amélioration de l’infrastructure du centre-sud du pays. Durant le gouvernement d’Aguirre Cerda, les réfugiés de la Guerre Civile Espagnole s’exilèrent au Chili. Deux jours après le début de la Seconde Guerre mondiale, ils arrivèrent à bord du navire Winnipeg à Valparaiso le 3 septembre 1939 grâce à l’initiative du poète chilien Pablo Neruda.
L’élection présidentielle de 1946 fut remportée par Gabriel Gonzalez Videla, chef du Parti Radical, soutenu par une coalition composée de radicaux et de communistes. Pour la première fois dans l’histoire du pays, trois communistes formeront partie du nouveau cabinet. Toutefois, cette coalition dura à peine six mois. Les communistes, régulièrement en désaccord avec les autres membres du gouvernement, se retirèrent du pouvoir en avril 1947. Quelques mois plus tard, le Chili rompait ses relations avec l’Union Soviétique. La situation devint critique et, en 1948, des centaines de communistes furent arrêtés en vertu de la Loi de Défense Permanente de la Démocratie, surnommée également « Ley maldita » (Loi maudite) qui avait pour finalité d’interdire toute participation politique du Parti Communiste du Chili. Les raisons de la promulgation de cette loi ne sont pas claires. Les historiens n’ont pas d’explications arrêtées. Selon plusieurs voix, le Parti Communiste ne put établir de relation claire entre sa nouvelle position au sein du gouvernement et sa politique traditionnelle d’agitation sociale. Ainsi, des fonctionnaires du gouvernement, militants communistes, étaient régulièrement amenés à approuver la hausse des prix que le parti rejetait par la suite au travers de violentes manifestations. Une révolte militaire fomentée par l’ancien président, Carlos Ibañez del Campo, général et homme politique chilien, fut réprimée et la période qui suivit fut très agitée socialement. En 1951, presque tous les secteurs de l’économie chilienne étaient en grève. L’année suivante, le peuple manifesta son hostilité aux partis traditionnels et élit finalement le général Carlos Ibañez, soutenu par le Parti agraire-travailleur. En 1958, Jorge Alessandri Rodriguez, ancien sénateur et fils d’Arturo Alessandri Palma, fut élu président. A la tête d’une coalition de libéraux et de conservateurs, son programme était orienté en faveur de la libre entreprise et des investissements étrangers. L’élection de 1964 fut gagnée par le candidat démocrate-chrétien Eduardo Frei Montalva. Ce dernier entreprit des réformes importantes telles que la nationalisation partielle des mines de cuivres et la réforme agraire pour des propriétés de plus de 80 hectares, mal exploitées ou abandonnées. Ces réformes provoquèrent le mécontentement de la gauche comme de la droite et générèrent une violente opposition politique. Pour la droite conservatrice, les réformes tendaient à les dépouiller tandis que la gauche les considérait trop légères. Alors que l’élection présidentielle de 1970 se rapprochait, l’opposition de gauche s’unit pour former l’Unité Populaire et désigna à Salvador Allende Gossens comme candidat. Celui-ci fonda sa campagne sur un programme qui promettait la nationalisation de toutes les industries de base, des banques et du secteur des communications. Allende récolta 37% des votes ainsi que le soutien du Congrès face à la droite et à Alessandri. Allende devint ainsi le premier président élu grâce à un programme socialiste dans un pays non communiste. Une fois en fonction, il mit en application rapidement les promesses tenues durant sa campagne et le Chili devint un Etat socialiste. Une partie importante de l’économie passa sous contrôle de l’Etat. Les mines, les banques étrangères et les entreprises furent nationalisées. Allende accéléra la réforme agraire et des conseils paysans furent créés. Par ailleurs, les salaires furent augmentés, les richesses redistribuées et les prix contrôlés. Toutefois, l’opposition ne resta pas les mains croisées et à partir de 1972, elle diffusa des rumeurs afin d’effrayer l’opinion public. Les conditions se détériorèrent à partir de 1973: l’inflation galopante, la pénurie alimentaire due aux restrictions des crédits étrangers. Les nombreuses grèves et la violence politique menèrent le Chili au bord du chaos. Outre cette opposition interne, les Etats-Unis, insatisfaits quant au nouveau pouvoir en place, pratiquèrent un blocage économique du pays et fomentèrent le coup d’Etat de Pinochet.
Le 11 septembre 1973, les militaires prirent le pouvoir et le président Allende fut tué pendant l’assaut du palais présidentiel La Moneda. Le général Augusto Pinochet Ugarte prit la tête du pays et se proclama en 1974, chef suprême de la nation. Il changea ensuite la Constitution et dissolu le Parlement. Une censure totale fut alors appliquée et tous les partis politiques furent interdis. Une campagne de terreur s’installa dans le pays contre les mouvements de gauche et la répression fut d’une violence inouïe. Des milliers de personnes furent détenues, exécutées ou torturées. Beaucoup de Chiliens s’exilèrent alors que d’autres disparaissaient ou étaient emprisonnés. Le 5 octobre 1988, Pinochet organisa un plébiscite en vue de reconduire son mandat après mars 1989 jusqu’en 1997. Le « non » populaire s’imposa avec 55% des votes. Toutefois, Pinochet annonça son intention de gouverner jusqu’en mars 1990. Mais, en décembre 1989, un scrutin fut organisé et ce, après 19 ans sans aucune élection présidentielle et c’est le candidat démocrate-chrétien, Patricio Aylwin qui fut élu.
Alors qu’Augusto Pinochet restait au commandement des forces armées, le président Aylwin nomma en avril 1990, une commission d’enquête pour la vérité et la réconciliation concernant les violations des droits de l’homme durant la dictature militaire. Les réformes économiques d’Aylwin augmentèrent la croissance et instaurèrent l’intégration sociale. Le pays s’ouvrit à l’extérieur en multipliant les exportations, en particulier vers les Etats-Unis, grâce à un accord bilatéral de commerce et d’investissements.
Lors de l’élection présidentielle de 1993, c’est le candidat démocrate-chrétien de la Concertation Nationale pour la Démocratie, Eduardo Frei Ruiz-Tagle, fils de l’ancien président Eduardo Frei Montalva, qui s’imposa devant le candidat de centre-droite, Arturo Alessandri. Le gouvernement chilien dut faire face à une montée de la pauvreté dans certains secteurs de la population et une hausse de la violence et l’insécurité urbaine. En 1996, le pays devient membre associé du Mercosur, le marché commun du Sud, communauté économique regroupant plusieurs pays d’Amérique du Sud.
La coalition au pouvoir, composée de démocrates-chrétiens et de sociaux-démocrates, rassembla la majorité des suffrages aux élections municipales de 1996 et aux élections législatives de 1997. Le 10 mars 1998, le général Pinochet abandonna les forces armées et occupa un poste de sénateur à vie (loi décidée par lui-même). Une grave crise interne eut lieu à cause de la détention de Pinochet par la police britannique, le 16 octobre 1998. Le juge espagnol Baltazar Garzon réclama l’extradition en Espagne de l’ancien chef de la junte militaire pour qu’il soit jugé pour les délits de « génocide », de « tortures » et de « disparitions » commis pendant la dictature. Différents faits ont été révélés au sujet du plan « Condor » qui coordonnait l’action répressive, pendant les dictatures, contre les opposants en Argentine, au Paraguay et en Uruguay. Dix-sept mois plus tard, le ministre britannique Jack Straw refusa l’extradition de Pinochet vers l’Espagne. Ce dernier put ainsi retourner en 2000 au Chili sans jugement aucun. Augusto Pinochet mourut en décembre 2006.
En janvier 2000, Ricardo Lagos, candidat de la Concertation Démocratique, coalition de centre-gauche au pouvoir depuis dix ans, remporta les élections présidentielles. Il fut le premier président socialiste au pouvoir après Salvador Allende. Lagos promit de focaliser l’action de son gouvernement sur les droits de l’homme. En mars 2006, c’est la socialiste Michelle Bachelet qui gagna les élections. Par la suite, le candidat de centre-droite du parti Rénovation Nationale, Sebastian Piñera assuma le poste de président en mars 2010, la droite n’avait plus été au pouvoir depuis trente ans. Enfin, Michelle Bachelet est cependant revenue au pouvoir grâce à sa victoire aux élections présidentielles de 2013.